多くの場合、指揮者は(専属契約を結んでいる場合でも)オーケストラの一員ではない。演奏会ごとに違う指揮者が指揮をすることが多い。しかし、同時に多くのオーケストラは「常任指揮者」(あるいは「首席指揮者」「音楽監督」)と呼ばれる特定の指揮者と長期にわたって演奏を行うため、その指揮者の任期中は、その指揮者の得意なレパートリーや演奏の様式によってオーケストラの個性が特徴付けられることが多い。しばしば指揮者の名前を冠して「?時代」などとして言及されるのはこのためである。 このような関係として特に有名なものの一例は次のようなものである。
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フルトヴェングラー、その後任のカラヤンとベルリン・フィルハーモニー管弦楽団
ベームとウィーン・フィルハーモニー管弦楽団
アンセルメとスイス・ロマンド管弦楽団
クーベリックとバイエルン放送交響楽団
コンヴィチュニーとライプチヒ・ゲヴァントハウス管弦楽団
リヒターとミュンヘン・バッハ管弦楽団
ムラヴィンスキーとレニングラード・フィルハーモニー交響楽団
トスカニーニとNBC交響楽団
ワルターとコロンビア交響楽団
バーンスタインとニューヨーク・フィルハーモニック
ストコフスキー、その後任のオーマンディとフィラデルフィア管弦楽団
メンゲルベルクとアムステルダム・コンセルトヘボウ管弦楽団
ブリュッヘンと18世紀オーケストラ
ライナー、ショルティとシカゴ交響楽団
セルとクリーヴランド管弦楽団
フェドセーエフとモスクワ放送交響楽団(現・モスクワ・チャイコフスキー交響楽団)
スヴェトラーノフとソヴィエト国立交響楽団(現・ロシア国立交響楽団)
チェリビダッケとミュンヘン・フィルハーモニー管弦楽団とシュトゥットガルト放送交響楽団
メータとイスラエル・フィルハーモニー管弦楽団
ミュンシュとパリ管弦楽団とボストン交響楽団
クリュイタンスとパリ音楽院管弦楽団(現在のパリ管弦楽団の設立母体)
ノイマンとチェコ・フィルハーモニー管弦楽団
テンシュテットとロンドン・フィルハーモニー管弦楽団
ラトルとバーミンガム市交響楽団
ムーティとミラノ・スカラ座管弦楽団
デュトワとモントリオール交響楽団
ヴァントと北ドイツ放送交響楽団
マリス・ヤンソンスとオスロ・フィルハーモニー管弦楽団
オスモ・ヴァンスカとラハティ交響楽団
日本人においては、
大植英次とミネソタ管弦楽団
小澤征爾と新日本フィルハーモニー交響楽団、ボストン交響楽団、サイトウ・キネン・オーケストラ
小林研一郎と日本フィルハーモニー交響楽団
秋山和慶と東京交響楽団
朝比奈隆と大阪フィルハーモニー交響楽団
尾高忠明と札幌交響楽団
高関健と群馬交響楽団
(*団体名は在任当時)
常任指揮者以外の指揮者を「客演指揮者」と呼ぶ。多くのオーケストラでは、多数の客演指揮者を迎えることで、公演レパートリーの不足を補ったり、新しい共演により芸術的な向上を目指すことがある。しかし、かつてのフルトヴェングラーやカラヤンのように、常任指揮者の権限によって、自分の気にそぐわない指揮者に客演させないというケースも存在する。